دانشگاه اراک سلول و بافت 2228-7035 10 1 2019 03 21 Evaluation of Microarray-derived Gene Expression Patterns in Transgenic Mouse Models of Alzheimer’s Disease (Tau and Amyloid beta) Using Bioinformatics Tools ارزیابی الگوهای بیان ژن مشتق از ریزآرایه در مدل‫های موشی تراژن بیماری آلزایمر (تائو و آمیلوئید بتا) با استفاده از ابزارهای زیست داده‏ورزی‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬ 1 11 35313 10.52547/JCT.10.1.1 FA جواد امینی دانشگاه زابل، دانشکده‌ علوم پایه، گروه زیست شناسی، سیستان و بلوچستان، زابل، ایران 0000-0002-5158-2560 ناصر سنچولی دانشگاه زابل، دانشکده‌ علوم پایه، گروه زیست شناسی، سیستان و بلوچستان، زابل، ایران نیما سندگل دانشگاه زابل، دانشکده‌ علوم پایه، گروه زیست شناسی، سیستان و بلوچستان، زابل، ایران 0000-0002-4509-5336 Journal Article 2019 05 22 Aim: The aim of this study was to compare the gene expression changes and their effects on protein networks, transcription factors prediction, cellular pathways and small RNAs in the transgenic mouse models of Alzheimer’s disease (Tau and Amyloid beta). Material and Methods: The results of the brain tissue microarray data from two models of Alzheimer’s disease were analyzed in GEO database. Protein networks prediction performed using String database and analyzed by Cytoscape software. The changed genes were used for prediction of transcription factors (TFs) and cellular pathways via Enrichr web service. Moreover, the ToppGene portal was used for prediction of the role of small RNAs involved in these models. Results:Analysis of protein networks have showed that the CTSS gene (encode Cathepsin S), a lysosomal cysteine protease, was the key gene and the main inter-network linker in the both models. Also, the data from evaluation of TFs resulting to introduce of IRF8 genes (encode Interferon Regulatory Factor 8) and NFE2L2 (encode Nuclear Factor, Erythroid 2 Like 2) that are involved in the immune system and oxidative stress respectively. On the other hand, we have shown that let-7 small RNA, which is involved in the immune system, could act as a major regulator in these gene pathways. Conclusions: The immune system has a critical role in the both models of Alzheimer’s disease and seems that the control of the immune-related genes (IRF8 and let-7) activity besides decrease of oxidative stress (CTSS and NFE2L2) in both models is a plausible therapeutic target. هدف: در این پژوهش تغییرات بیان ژن و تاثیر آن بر شبکههای پروتئینی، عوامل رونویسی، مسیرهای سلولی و RNAهای کوچک در مدل‏های موشی تراژن بیماری آلزایمر (آمیلوئید بتا و تائو) بررسی شد. مواد و روش‏ها: نتایج دادههای ریز آرایه ژن‏های بافت مغز در پایگاه داده GEO تجزیه و تحلیل، پیش بینی شبکه‏ها به‏کمک پایگاه داده String انجام و توسط نرم افزار Cytoscape آنالیز شد. پیشبینی فاکتورهای رونویسی و مسیرهای سلولی ژنها در سرویس تحت وب Enrichr انجام گرفت. همچنین از درواره ToppGene برای شناسایی نقش RNAهای کوچک دخیل در این مدلها استفاده شد. نتایج: تجزیه و تحلیل شبکه‏های پروتئینی نشان داد ژن CTSS (کد کننده پروتئین کاتپسین اس) که یک سیستئین پروتئاز لیزوزومی است در هر دو مدل ژن کلیدی و رابط شبکه‏ای می‏باشد. ژن‏های IRF8 (کد کننده پروتئین عامل 8 تنظیم ‏کننده اینترفرون) و NFE2L2 (کد کننده پروتئین عامل 2 مرتبط با عامل هسته‏ای اریتروئیدی 2) که به‏ترتیب ژنهای دخیل در سیستم ایمنی و استرس اکسیداتیو هستند، به‏عنوان عوامل رونویسی تاثیرگذار تعیین شدند. به‏علاوه مشخص شد RNA کوچک let-7 (دخیل در سیستم ایمنی) می‏تواند به‏عنوان تنظیم کننده مهم بیان ژن‏ها در مسیرهای ژنی هر دو مدل بیماری عمل نماید. نتیجه‫گیری: سیستم ایمنی نقش بسیار مهمی در روند بیماری آلزایمر در هر دو مدل داشته و احتمالا کاهش فعالیت ژن‏های این سیستم (IRF8 و let-7) به‏همراه افزایش ژن‏های دخیل در کاهش استرس اکسیداتیو (CTSS و NFE2L2) در هر دو مدل یک هدف درمانی مناسب خواهد بود. واژگان کلیدی:

https://jct.araku.ac.ir/article_35313_60ec22244723fb49b391a8f256249a29.pdf

دانشگاه اراک سلول و بافت 2228-7035 10 1 2019 03 21 Study of relation on breast cancer and A/T 251 polymorphism of IL-8 gene in Iranian female populations by Tetra Arms PCR بررسی ارتباط سرطان سینه و پلی‫مورفیسم A/T 251 از ژن IL-8 درجمعیت زنان ایرانی با روش Tetra arms-PCR ‬‬‬‬‬‬‬ 12 23 36357 10.52547/JCT.10.1.12 FA الهام سیاسی - دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران شمال، دانشکده علوم زیستی، گروه ژنتیک، تهران، ایران مرضیه غلامی - دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران شمال، دانشکده علوم زیستی، گروه ژنتیک، تهران، ایران فاطمه اشرفی - دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران شمال، دانشکده علوم زیستی، گروه ژنتیک، تهران، ایران Journal Article 2019 09 07 Aim: In this study, relationship between breast cancer and 251A/T polymorphism of IL-8 gene, as the genetic marker, was investigated in the Iranian females population by Tetra arms-PCR. Materials and methods: In this case-control study, 50 women with breast cancer and 50 healthy women as control group were selected. After extraction of DNA, determination of IL-8 gene 251 A / T polymorphism genotypes was performed by Tetra arms-PCR. Results: In the control group, frequency of AA, AT, and TT genotypes were 0%, 88% and 12%, respectively and them for case group were 12%, 54% and 34%, respectively. Result showed no significant difference between AA, AT and TT genotypes in the control and case groups (P ≤ 0.05). Conclusions: In current research, there was no significant difference between A and T alleles in the control and case groups. Therefore, it indicated that there was not association between IL-8 gene 251 A/T polymorphism and breast cancer in the studied Iranian females population. هدف: در این مطالعه به ارتباط سرطان سینه و پلی‫مورفیسم A/T 251 از ژن اینترلوکین 8، به‏عنوان مارکر ژنتیکی در جمعیت زنان ایرانی با روش Tetra arms-PCR پرداخته شده است. مواد و روش‏ها: در این مطالعه شاهد-موردی، 50 زن مبتلا به سرطان سینه و 50 زن سالم به‏عنوان گروه کنترل انتخاب شدند. بعد از استخراج DNA، تعیین ژنوتیپ‏های پلی‫مورفیسم 251 T/A از ژن IL-8 به‏روش Tetra arms-PCR انجام شد. نتایج: فراوانی ژنوتیپ‏های AA، AT و TT در گروه کنترل به‏ترتیب صفر درصد، 88 درصد و 12 درصد و در گروه بیمار به‏ترتیب 12 درصد، 54 درصد و 34 درصد بود. نتایج تفاوت معنی‏داری بین ژنوتیپ‏های AA، AT و TT در گروه کنترل و بیمار نشان نداد (05/0<p). نتیجه گیری: در تحقیق حاضر بین فراوانی آلل‏های A و Tدر گروه بیمار و کنترل، تفاوت معنی‌داری وجود نداشت، بنابراین می‏تواند بیانگر این باشد که بین پلی‫مورفیسم 251 T/A از ژن IL-8 و سرطان سینه در جمعیت زنان ایرانی مورد مطالعه، ارتباطی وجود ندارد.

https://jct.araku.ac.ir/article_36357_ca7ca7ea7912312362a50c3754c1cc2d.pdf

دانشگاه اراک سلول و بافت 2228-7035 10 1 2019 03 21 Investigating the anticancer effect of Lippia citriodora leaf alcoholic extract: in suppression of A2780 ovarian cancer cell metastasis via restoration of E-cadherin expression بررسی اثر ضدسرطان عصاره الکلی به‏لیمو Lippia citriodora: مهار متاستاز سلول‏های سرطان تخمدان A2780 از طریق بازیابی بیان E-کادهرین‬‬‬‬‬ 24 33 36359 10.52547/JCT.10.1.24 FA الهه امینی دانشگاه خوارزمی، دانشکده علوم زیستی، گروه سلولی مولکولی، تهران، ایران محمد نبیونی دانشگاه خوارزمی، دانشکده علوم زیستی، گروه سلولی مولکولی، تهران، ایران جواد بهارآرا دانشگاه آزاد اسلامی واحد مشهد، دانشکده علوم، گروه زیست شناسی، مشهد، ایران سید بهرام بهزاد دانشگاه خوارزمی، دانشکده علوم زیستی، گروه سلولی مولکولی، تهران، ایران دانیال سیفی دانشگاه خوارزمی، دانشکده علوم زیستی، گروه سلولی مولکولی، تهران، ایران فرزانه سالک دانشگاه آزاد اسلامی واحد مشهد، دانشکده علوم، گروه زیست شناسی، مشهد، ایران Journal Article 2019 09 07 Aim: The purpose of this study is to investigate the pro-apoptotic and anti-metastatic potentials of Lippia citriodora alcoholic leaf extract on A2780 ovarian cancer cells and to evaluate the expression of E-cadherin as one of the most important marker in metastasis. Material and Methods: A2780 ovarian cancer cell line was prepared from Pasteur cell bank and cultured in RPMI1640 medium containing 10% FBS and 1% antibiotic. After cell seeding and treatment with different concentrations of extract (10-400 µg/ml), the cells viability and pro-apoptotic potential were examined by MTT assay and acridine orange/ propodium iodide, respectively. Caspase-3 assay and anti-invasive effect were analyzed by migration assay and assessment of E-cadherin expression, respectively. Then, one way ANOVA test was employed for analysis of quantitative data. Results: Data indicated that L. citriodora alcoholic extract attenuated ovarian cancer cell viability. Acridine orange/ propodium iodide and caspase-3 assays showed that this extract in IC50 concentration (100 µg/ml) induced apoptosis mainly through caspase dependent pathway in the ovarian cancer cells. Migration assay and RT-PCR exhibited that this extract has anti-invasive capability and by up- regulation of E-cadherin prevents the loss of attachment between cancer cells. Conclusion: The results revealed that L. citriodora alcoholic extract has apoptosis inducing capacity and ability of restoration E-cadherin expression in A2780 cancer cells, which it able to suppress invasive potential of ovarian cancer cells. هدف: هدف از این مطالعه، بررسی پتانسیل پروآپوپتوزی و ضد متاستازی عصاره الکلی برگ بهلیمو (Lippia citriodora) بر سلول‏های سرطان تخمدان A2780 و بررسی بیان E-کادهرین به‏عنوان یکی از مارکرهای مهم در متاستاز است. مواد و روشها: در این پژوهش تجربی آزمایشگاهی، ردهی سلولی A2780 از بانک سلولی پاستور تهیه و در محیط کشت RPMI1640 دارای FBS، 10 درصد به‏همراه 1 درصد آنتی بیوتیک در دمای 37 درجه سانتی‫گراد کشت شدند. پس از کشت سلول‏ها و تیمار با غلظت‏های مختلف عصاره (10 تا 400 میکروگرم بر میلیلیتر) قابلیت حیات سلول‫ها توسط روش MTT، پتانسیل پروآپوپتوزی توسط آزمون اکریدین اورنج/پروپیدیوم ایوداید و کاسپاز 3 و اثر ضد تهاجمی توسط تست مهاجرت و ارزیابی بیان E-کادهرین اندازهگیری شد. سپس از آزمون آماری آنالیز واریانس یک‫طرفه برای تحلیل نتایج کمی استفاده شد. نتایج: دادهها نشان داد عصاره الکلی برگ بهلیمو به‏صورت وابسته به دوز بقای سلول‏های A2780 را کاهش داد. نتایج آزمون اکریدین اورنج و کاسپاز-3 نشان داد این عصاره در غلظت میانه مهاری (100 میکروگرم) باعث القای آپوپتوز وابسته به کاسپاز در سلول‏های سرطان تخمدان میشود. آزمون مهاجرت و RT-PCRنشان داد که این عصاره دارای پتانسیل ضد تهاجمی بوده و با افزایش بیان E –کادهرین از سست شدن اتصالات بین سلول‏های سرطانی جلوگیری میکند. نتیجه گیری: نتایج این پژوهش نشان داد عصاره الکلی برگ بهلیمو با دارا بودن ظرفیت القای آپوپتوزیس و بازیابی بیان E-کادهرین در سلول‏های سرطانی A2780 قادر به مهار پتانسیل تهاجمی سلول‫های سرطان تخمدان است.

https://jct.araku.ac.ir/article_36359_9271667269fe565003bebc03c3c03444.pdf

دانشگاه اراک سلول و بافت 2228-7035 10 1 2019 03 21 Effects of Rosa canina fruit hydroalcoholic extract on lipid profile and liver enzymes level in diabetic mice بررسی تاثیر عصاره هیدروالکلی میوه‌ی نسترن وحشی بر پروفایل چربی وآنزیم‏های کبدی در سرم موش‏های سوری دیابتی 34 41 36362 10.52547/JCT.10.1.34 FA سعید صدیق اعتقاد دانشگاه علوم پزشکی تبریز، مرکز تحقیقات علوم اعصاب، تبریز، ایران فرشته رحیمی گروه علوم زیستی، موسسه آموزش عالی ربع رشید، تبریز، ایران جواد محمودی دانشگاه علوم پزشکی تبریز، مرکز تحقیقات علوم اعصاب، تبریز، ایران لیلا برادران گروه علوم زیستی، موسسه آموزش عالی ربع رشید، تبریز، ایران Journal Article 2019 09 07 Aim: This study was aimed to investigate the effects of Rosa canina (RC) fruit hydroalcoholic extract on lipid profile and liver anzymes level in diabetic mice. Material and Methods: Ninty-six male mice were divided into 4 groups. The normal and diabetic groups received normal saline (p.o., 0.5 ml), however RC and RC-treated diabetic groups received RC hydroalcoholic extract (p.o., 500 mg/kg). Diabetes was induced by a single dose of streptozotocin (STZ) (i.p., 200 mg/kg) and 10, 20, and 30 dayes after diabetes induction the lipd profile (cholesterol, triglyceride, LDL, HDL and VLDL) and liver anzymes (ALP, ALT and AST) were evaluated. Results: Glucose level in the diabetic groups significantly(p < 0.01) increased compared with the control group. Administration of the extract in the diabetic group resulted in significant reduction(p < 0.01) in LDL, VLDL, triglyceride and cholesterol levels in comparison with diabetic animals. Administration of the extract in the diabetic group significantly increased (p < 0.05) HDL level and decreased (p < 0.01) ALT and AST levels. Conclusion: RC fruit extract has the regulatory role in controlling lipid profile and liver anzymes level in mice models of diabetes. هدف: هدف از مطالعه حاضر بررسی تاثیر عصاره هیدروالکلی میوهی نسترن وحشی بر پروفایل چربی و آنزیم‏های کبدی در موش‏های سوری دیابتی است. مواد و روش‏ها: تعداد 96 عدد موش سوری نر در 4 گروه شامل گروههای سالم و دیابتی دریافت کننده نرمال سالین 9/0 درصد (خوراکی، ml/kg10) و گروه‏های سالم و دیابتی دریافت کننده عصاره گیاه (خوراکی، mg/kg 500) دسته‏بندی شدند. حیوانات با تجویز استرپتوزوتوسین (داخل صفاقی، mg/kg 200) به دیابت مبتلا شدند. در پایان روزهای 10، 20 و 30 مطالعه خون‏گیری انجام شد و پروفایل چربی شامل LDL، VLDL، HDL، تری‏گلیسیرید و کلسترول و آنزیم‏های کبدی ALT، AST و ALP مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج: به دنبال القای دیابت افزایش معنیداری در میزان گلوکز خون در تمامی گروه‏های دیابتی در روزهای 10، 20 و 30 در مقایسه با گروه سالین به‏وجود آمد (01/0p <). سطح سرمی LDL، VLDL، تری‏گلسیرید و کلسترول متعاقب القای دیابت در حیوانات افزایش پیدا کرد که در گروه‏های تیمار شده با عصاره نسبت به گروه دیابتی به‏طور معنی‏داری در تمامی روزهای مطالعه کاهش پیدا کرد (01/0p <). همچنین تجویز عصاره افزایش معنی‏داری را در میزان HDLدر تمامی روزهای مطالعه نسبت به حیوانات دیابتیک ایجاد کرد (05/0p <). مقادیر افزایش یافته فعالیت آنزیم‏های AST و ALT در حیوانات دیابتی بهدنبال تجویز نسترن وحشی کاهش معنی‏داری یافت (01/0p <). نتیجه‏گیری: مصرف این عصاره می‏تواند نقش تنظیمی در کنترل پروفایل چربی و آنزیم‏های کبدی در مدل دیابتی موش سوری داشته باشد و احتمالا بتواند در بهبود وضعیت این شاخص‏ها افراد دیابتی نیز مفید واقع شود، اگرچه این موضوع نیازمند مطالعات تکمیلی در بالین می‏باشد.

https://jct.araku.ac.ir/article_36362_1201fd573bcffcc092b88142ac6b0457.pdf

دانشگاه اراک سلول و بافت 2228-7035 10 1 2019 03 21 Investigation the Effect of tamoxifen on CTNNBIP1 in cancer stem cells derived from MKN-45 cell line بررسی اثرداروی تاموکسیفن برروی بیان ژنCTNNBIP1 در سلول‏های بنیادی سرطانی مشتق شده از رده‏ی سلولیMKN-45 42 53 36363 10.52547/JCT.10.1.42 FA بهاره قدرتی - دانشگاه رازی، دانشکده علوم، گروه زیست شناسی، کرمانشاه، ایران حسن اکرمی - دانشگاه رازی، دانشکده علوم، گروه زیست شناسی، کرمانشاه، ایران Journal Article 2019 09 07 Aim: In the current study, effect of various concentrations of tamoxifen on CTNNBIP1 expression gene in the cancer cells derived from MKN-45 cell line of gastric cancer was considered as a therapeutic potential. Materials and method: The CSCs derived from the MKN-45 cell line were treated with different concentrations of tamoxifen for 48 hours and then cell survival was evaluated by the Trypan Blue test. After obtaining IC50, we examined the effect of 100 µM tamoxifen on the expression of CTNNBIP1 in CSCs as a therapeutic potential. Results: Analysis of Real-time RT-PCR data showed that 100 μM tamoxifen in a 48-houred treatment can increase the expression of CTNNBIP1 gene. Conclusions: According to the results, it was concluded that tamoxifen has an inhibitory effect on the Wnt signal pathway and beta-catenin protein by increasing the expression of the CTNNBIP1 gene. هدف: هدف از این تحقیق بررسی اثر غلظت‏های مختلفی از داروی تاموکسیفن بر روی بیان ژن CTNNBIP1در سلول‌های بنیادی سرطانی مشتق شده از رده‌ی سلولیMKN-45 مربوط به سرطان معده به‌عنوان یک پتانسیل درمانی است. مواد و روش‫ها: در این تحقیق بقای سلول را با استفاده از تست تریپان بلو ارزیابی شد. پس از به‏دست آوردن IC50 سلول‌های بنیادی سرطانی مورد نظر را با غلظت مشخص دارو طی 48 ساعت تیمار دادیم. با توجه به این اطلاعات به بررسی اثر غلظت‏های مختلفی از داروی تاموکسیفن بر روی بیان ژن CTNNBIP1در سلول‌های بنیادی سرطانی مشتق شده از رده‌ی سلولیMKN-45 مربوط به سرطان معده به‌عنوان یک پتانسیل درمانی پرداخته شد. نتایج: آنالیز داده‌های Real-time RT-PCR نشان داد که غلظت 100 میکرومولار از داروی تاموکسیفن طی تیمار 48 ساعته می‌تواند بیان ژن CTNNBIP1را افزایش دهد. نتیجه گیری: با توجه به نتایج به‏دست آمده می‏توان نتیجه گرفت که داروی تاموکسیفن از طریق افزایش بیان ژن CTNNBIP1 بر روی مسیر سیگنالی Wnt و پروتئین بتا کاتنین اثر مهاری دارد.

https://jct.araku.ac.ir/article_36363_619fbb22733450c579c88736dd7c3198.pdf

دانشگاه اراک سلول و بافت 2228-7035 10 1 2019 03 21 Investigating the anticancer effect of Lippiacitriodora leaf alcoholic extract: suppression of A2780 ovarian cancer cell metastasis via restoration of E-cadherin expression بررسی اثر بیسفنول A بر تمایز استئوژنیک در سلول‌های بنیادی مزانشیم مغز استخوان رت بالغ: یک مطالعه‌ی آزمایشگاهی 54 62 37217 10.52547/JCT.10.1.54 FA آتنا سادات عظیمی دانشگاه اراک، دانشکده علوم پایه، گروه زیست شناسی، اراک، ایران ملک سلیمانی مهرنجانی دانشگاه اراک، دانشکده علوم پایه، گروه زیست شناسی، اراک، ایران مجید مهدیه دانشگاه اراک، دانشکده علوم پایه، گروه زیست شناسی، اراک، ایران Journal Article 2019 11 27 Aim: The aim of this study was to investigate the effect of Bisphenoln A on osteogenic differentiation in bone marrow mesenchymal stem cells obtained from adult rat. Material and Methods: Rat bone marrow mesenchymal stem cells were extracted using the flashing-out method. At the end of the third passage, cells were divided into groups of control and Bisphenol A treated with different doses of 1, 5, 10, 50, 100, 250, 500, 1000, 2000 and 4000 nM for period of 21 days in the osteogenic media containing 10% of fetal bovine serum. Then rate of Bone matrix mineralization, extracellular calcium deposition, expression of osteopontin and osteocalcin proteins was investigated during the procedure of osteogenesis. Data was analyzed using one-way ANOVA and the means difference was considered significant at p هدف: هدف از این مطالعه، بررسی اثر بیسفنول A بر تمایز استئوژنیک در سلول‌های بنیادی مزانشیم مغز استخوان مستخرج از رت بالغ بود. مواد و روش‏ها: سلول‌های بنیادی مزانشیم مغز استخوان رت، با استفاده از روش فلشینگ استخراج شدند. در انتهای پاساژ سوم، سلول‌ها به گروه‌های کنترل و تیمار شده با غلظت‌های مختلف بیسفنول A (1، 5، 10، 50، 100، 250، 500، 1000، 2000 و 4000 نانومولار) برای مدت 21 روز، در محیط استئوژنیک حاوی 10 درصد سرم جنین گاوی، تقسیم شدند. سپس نسبت معدنی شدن ماتریکس استخوانی، میزان کلسیم خارج سلولی، سطح بیان پروتئین‌های استئوپونتین و استئوکلسین، طی روند تمایز استئوژنیک مورد بررسی قرار گرفت. داده‌ها با روش آماری آنالیز واریانس یک‌طرفه مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت و تفاوت میانگین‌ها در سطح 05/0>p معنی‌دار در نظر گرفته شد. نتایج: کاهش معنی‌دار در میزان معدنی شدن ماتریکس استخوانی، سطح کلسیم، سطح بیان و سنتز استئوکلسین و استئوپونتین در گروه سلول‌های تیمار شده با بیسفنول A در مقایسه با گروه کنترل، در یک رفتار وابسته به غلظت مشاهده شد (05/0>p). نتیجه‏گیری: این نتایج نشان داد که بیسفنولA، به‏عنوان یک آلاینده زیست محیطی، یک کاهش معنی‌دار در تمایز استئوژنیک در سلول‌های بنیادی مزانشیمی مغز استخوان رت ایجاد کرد؛ بنابراین، بیسفنولA می‌تواند به‌عنوان یک عامل کاهش‌دهنده در تمایز سلولی در نظر گرفته شود.

https://jct.araku.ac.ir/article_37217_73551d91f9caef395e7878a758b3b040.pdf