فصلنامه
نویسنده = سندگل، نیما

ارزیابی الگوهای بیان ژن مشتق از ریزآرایه در مدل‫های موشی تراژن بیماری آلزایمر (تائو و آمیلوئید بتا) با استفاده از ابزارهای زیست داده‏ورزی‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬

دوره 10، شماره 1، بهار 1398، صفحه 1-11

https://doi.org/10.52547/JCT.10.1.1

جواد امینی، ناصر سنچولی، نیما سندگل

چکیده هدف: در این پژوهش تغییرات بیان ژن و تاثیر آن بر شبکه­های پروتئینی، عوامل رونویسی، مسیرهای سلولی و RNAهای کوچک در مدل‏های موشی تراژن بیماری آلزایمر (آمیلوئید بتا و تائو) بررسی شد.
مواد و روش‏ها: نتایج داده­های ریز آرایه ژن‏های بافت مغز در پایگاه داده GEO تجزیه و تحلیل، پیش بینی شبکه‏ها به‏کمک پایگاه داده String انجام و توسط نرم افزار Cytoscape آنالیز شد. پیش­بینی فاکتورهای رونویسی و مسیرهای سلولی ژن­ها در سرویس تحت وب Enrichr انجام گرفت. همچنین از درواره ToppGene برای شناسایی نقش RNAهای کوچک دخیل در این مدل­ها استفاده شد.
نتایج: تجزیه و تحلیل شبکه­‏های پروتئینی نشان داد ژن CTSS (کد کننده پروتئین کاتپسین اس)  که یک سیستئین پروتئاز لیزوزومی است در هر دو مدل ژن­ کلیدی و رابط شبکه‏ای می‏باشد. ژن‏های IRF8 (کد کننده پروتئین عامل 8 تنظیم ‏کننده اینترفرون) و NFE2L2 (کد کننده پروتئین عامل 2 مرتبط با عامل هسته‏ای اریتروئیدی 2) که به‏ترتیب ژن­های دخیل در سیستم ایمنی و استرس اکسیداتیو هستند، به‏عنوان عوامل رونویسی تاثیرگذار تعیین شدند. به‏علاوه مشخص شد RNA کوچک let-7 (دخیل در سیستم ایمنی) می‏تواند به‏عنوان تنظیم کننده مهم بیان ژن‏ها در مسیرهای ژنی هر دو مدل بیماری عمل نماید.
نتیجهگیری: سیستم ایمنی نقش بسیار مهمی در روند بیماری آلزایمر در هر دو مدل داشته و احتمالا کاهش فعالیت ژن‏های این سیستم (IRF8 و let-7) به‏همراه افزایش ژن‏های دخیل در کاهش استرس اکسیداتیو (CTSS و NFE2L2) در هر دو مدل یک هدف درمانی مناسب خواهد بود.
واژگان کلیدی:

بررسی غلاف میلین و پروتئین‌های مرتبط با آن (MAG، MOG، MBP و PLP) طی تخریب میلین القا شده توسط کوپریزون در سیستم عصبی مرکزی موش‌های نر نژاد C57BL/6

دوره 8، شماره 1، بهار 1396، صفحه 12-21

https://doi.org/10.52547/JCT.8.1.12

نیما سندگل، مجید کمیجانی

چکیده هدف: هدف تحقیق، بررسی دقیق اثرات وابسته به‏زمان کوپریزون بر پروتئین­های MAG، MOG، MBp و PLp و روند تخریب میلین می‏باشد.
 مواد و روش‌ها: مدل تخریب میلین با مصرف پنج هفته غذای حاوی 2/0 درصد کوپریزون ایجاد شد. ناحیه کورپوس کالوزوم مغز موش‌ها در هفته‏های 3، 4 و 5 مورد ارزیابی بافتی و مولکولی قرار گرفت و در انتهای هفته پنجم مطالعات رفتاری توسط تست میدان باز انجام شد.
نتایج: نتایج نشان داد بیان پروتئین­های غلاف میلین در مقایسه با گروه کنترل به‏صورت وابسته به‏زمان کاهش یافته است. علی­رغم کاهش کلی این پروتئین­ها در هفته سوم، در این هفته تنها پروتئین PLp کاهش معنی‏داری با گروه کنترل نشان داد (01/0p <). همچنین سایر پروتئین­ها از هفته چهارم به بعد کاهش بیان معنی‏داری را نشان دادند. مطالعات میکروسکوپ الکترونی تغییرات معنی‏دار در کاهش قطر میلین در مقایسه با گروه کنترل را تنها پس از 4 هفته نشان داد  (01/0p <). مطالعات رفتاری نیز نشان داد کوپریزون قادر به ایجاد اختلالات رفتاری معنی‏داری در حیوانات مورد مطالعه در مقایسه با گروه کنترل بود و این تغییرات از هفته سوم به بعد قابل مشاهده بودند.
نتیجه­گیری: این تحقیق برای اولین بار به بررسی هم‏زمان پروتئین‏های اصلی میلین پرداخته و نتایج نشان می‌دهد بهترین زمان جهت بررسی­های دقیق مولکولی، بافتی و رفتاری هفته­های چهارم و پنجم می­باشند.